In ambito provinciale è uno dei comuni col più alto numero di grotte, per cui da questo punto di vista riveste un interesse particolare. Queste grotte sono state esplorate e rilevate dal Gruppo Speleologico Sassarese (GSS).
Si possono visitare nel territorio comunale le Colonne prismatiche penta-esagonali di basalto Secondo i geologi i basalti esagonali si sono formati 6 milioni di anni fa a causa di una potente esplosione sotterranea, i basalti colonnari rappresentano quanto è rimasto dì antichi condotti di alimentazione vulcanica.
La più importante grotta del territorio è Sa Ucca è su Peltusu, che con i suoi 3180 m di sviluppo costituisce la più grande grotta della provincia di Sassari. Nel suo interno è possibile osservare notevoli fenomeni di erosione carsica, con la presenza di un torrente sotterraneo e un deposito di ostriche fossili mioceniche di grande rilevanza, forse unico in ambito regionale.
La Grotta di Suiles, scoperta di recente in seguito agli scavi per la condotta idrica, si presenta riccamente ornata di concrezioni di notevole bellezza perfettamente intatte, e meriterebbe particolare attenzione per lasua tutela.
Sa Ucca è Mammuscone è la più conosciuta grotta di Cossoine, citata da numerosi autori fin dalla prima metà dell'800 e con numerose leggende che la riguardano. Ritenuta in passato un cratere vulcanico, è una cavità ad andamento verticale che si sviluppa inizialmente nelle rocce vulcaniche e successivamente nel calcare e che raggiunge la profondità di 63 metri, costituendo la più profonda grotta del comune.
Alcune grotte di Cossoine rivestono importanza per la fauna cavernicola, con presenza di particolari organismi, fra i quali citiamo per tutti la specie Patriziella nuragica, un rarissimo coleottero troglobio endemico, noto nel mondo esclusivamente a Sa Ucca è Mammuscone.
La valorizzazione delle grotte di Cossoine si rende oggi piuttosto necessaria, con la pubblicazione di uno studio conoscitivo, la creazione di una mostra che ne evidenzi le caratteristiche e con la realizzazione di un eventuale percorso di visite guidate in quelle più interessanti, escludendo comunque la possibilità di un vero e proprio sfruttamento turistico nel termine classico della parola.
